Struktur tanah kota merupakan lapisan tanah gambut bekas endapan Lumpur Sungai Kapuas. Lapisan tanah liat baru dicapai pada kedalaman 2,4 meter dari permukaan laut. Kota Pontianak termasuk beriklim tropis dengan suhu tinggi (28-32 °C dan siang hari 30 °C).

Rata–rata kelembaban nisbi dalam daerah Kota Pontianak maksimum 99,58% dan minimum 53% dengan rata–rata penyinaran matahari minimum 53% dan maksimum 73%.[2]

Besarnya curah hujan di Kota Pontianak berkisar antara 3000–4000 mm per tahun. Curah hujan terbesar (bulan basah) jatuh pada bulan Mei dan Oktober, sedangkan curah hujan terkecil (bulan kering) jatuh pada bulan Juli. Jumlah hari hujan rata-rata per bulan berkisar 15 hari.[2]

Secara administratif, kota Pontianak dibagi atas beberapa kecamatan, yaitu: Pontianak Selatan, Pontianak Timur, Pontianak Barat, Pontianak Utara, Pontianak Kota dan Pontianak Tenggara.